HISTORIA
El juego tiene lugar después de los eventos de Kingdom Hearts 2 y sigue la historia de Pepito Grillo, el Rey Mickey, Donald y Goofy en el Castillo Disney. Pepito estaba organizando las entradas de los diarios en sus viajes con Sora y sus amigos. Pero la curiosidad de Pepito Grillo sobre la frase "Gracias Naminé" y la búsqueda de su significado provocó que Pepito Grillo encontrara algo que él no escribió: "Hay que volver a liberarlos de su tormento". Para investigar este mensaje, el Rey Mickey digitaliza el contenido del diario y entra en los mundos virtualizados para investigar, despertando un Sora y unas Islas del Destino virtuales para saber el significado de ellos ( referencia a la frase Hay que volver a liberarlos de su tormento, hallada en el diario de Pepito )
A medida que el Sora virtual se despierta en las Islas del Destino se encuentra con numerosos "bugs" ( errores), que adoptan la forma de bloques de color rojo y negro, que abarcan el mundo entero. A medida que investiga estos bloques, se encuentra una figura extraña crea un ojo de la cerradura, y en su interior hay un Sincorazón gigante, derrotando a este y después, se destruyeron todos los bloques negros de la isla. Sin embargo, Sora queda atrapado en la oscuridad, que lo envia a Ciudad de Paso, que recuerda los acontecimientos del primer juego. También recorre numerosos mundos buscando las "cerraduras" que dan al corazón de los mundos, derrotando a los Sincorazón de los mundos ( con la ocasional ayuda del encapuchado misterioso ) para que dichos mundos regresen a su estado normal. En "El país de las Maravillas", el encapuchado aparece de repente en frente del Sora virtual, quien le persigue por ordenes del rey Mickey.
Mientras tanto, en el Castillo Disney, empezarán a aparecer sincorazón en su interior, pero son rápidamente destruidos por el rey Mickey. Sobtadamente, las puertas del castillo se abren y para sorpresa del rey y de sus amigos, aparece el Sora virtual. El encapuchado reaparece en frente de ellos, les revela que ya no están en el mundo "real" sino también dentro del propio diario, y también la presencia de los sincorazón. El encapuchado también les reveló que el diario está tomando la forma de Riku, que luego envía a Sora en un viaje para descubrir su verdadera identidad. Asimismo, Pete del mundo real aparece en el mundo digital, así como Maléfica, que destruye la llave-espada del Sora digital y ordena a los sincorazón que le ataquen.
